Mallit ovat riippuvaisia tausta-aineistoista kuten seuranta-aineistoista ja mallien toimivuutta arvioidaan usein vertailemalla mallituloksia seuranta-aineistoihin.
Varsinkin pitkät seuranta-aikasarjat ovat mallinnukselle arvokkaita. Suomen ympäristökeskuksen tietoaineistot ovat pääosin avoimesti saatavilla. Perinteisten seuranta-aineistojen lisäksi myös (uudet) menetelmät, kuten kaukokartoitus, eDNA, kansalaishavainnointi palvelevat mallinnusta. Mallinnus on myös otettu huomioon seurantastrategiassa. Menetelmistä esimerkiksi datafuusio (Vesikirje 1/2019) Vesien tilan seuranta tehostuu satelliittikuvia ja in situ -dataa yhdistämällä) mahdollistaa hajanaisen tiedon yhdistämisen ja ekstrapoloinnin laajemmille alueille, mikä palvelee myös mallinnusta.